探测器窗口对低能X射线的吸收，限制了轻元素的探测，当前普遍使用超薄窗口材料探测器，可接收的x射线能量低至100ev，然而很不幸，这些轻元素还是不能通过直接测定X射线强度来进行和重量大于NA元素同样置信度的定量分析。在质量吸收系数和清理补偿污染效应的困难等方面的不确定因素是使用ZAF修正方案的主要障碍。
       轻元素的精确定量分析是一个复杂过程，对于固体材料微区或者表面成分分析主要采用的手段依然是俄歇能谱仪。

在用扫描电子显微镜进行固体材料微区或表面成分分析时，首先得进行扫描电镜样品制备：由于扫描电镜样品台空间有限，因此试样高度不能太大，一般小于10mm；样品切割后同制备金相试样一样，需要经过粗磨、精磨、抛光等步骤；样品制备后不需要腐蚀处理。